Los pacientes con circulación de Fontan están expuestos a una elevada incidencia de eventos tromboembólicos que pueden producir obstrucciones del circuito o embolismos pulmonares o paradójicos. Por tanto, es evidente la necesidad de implementar algún tipo de tratamiento antitrombótico. Sin embargo, no existe consenso acerca de que fármaco específico debe utilizarse.