Dentro de la estructura de la Sociedad Española de Cardiología, las Sociedades Filiales de las diversas autonomías desempeñan un papel relevante a través de su Junta Directiva, con lo cual, la representación de éstas está presente en las decisiones de la Sociedad Española de Cardiología.

Las Sociedades Filiales nacieron con la idea de que fueran las impulsoras de fomentar el conocimiento científico de las enfermedades cardiovasculares, la realización de estudios y registros, el asesoramiento y apoyo a las autoridades y entidades sanitarias de sus comunidades autónomas, el desarrollo de campañas para la formación de la población y la organización de congresos y reuniones en torno a la excelencia investigadora y clínica, actualmente existen 14 Sociedades Filiales..